許多先天疾病能使小孩得青光眼。這些先天疾病有的遺傳，有的不遺傳，但都會在出生時或不久后就表現(xiàn)出來。盡管眼睛的其他部分最初包括在這些病中，但它們最終會引起青光眼，因為它們會損傷眼睛的引流子流。
        這些情況比原發(fā)性嬰幼兒型青光眼少得多。由于常常有眼睛某些部分的發(fā)育不全，所以難治。如果出現(xiàn)青光眼，則其治療方案和原發(fā)性嬰幼兒型青光眼相同。

家族性虹膜發(fā)育不全

       這種病可遺傳，以眼睛虹膜結構發(fā)育不全為特征發(fā)育不全的虹膜阻住小梁網(wǎng)狀結構，發(fā)生青光眼。盡管出生時就存在缺陷，但青光眼可在出生時或以后任何時候甚至成年后發(fā)生。但是顯然患這種病的人沒有人能長期逃脫青光眼。這樣的青光眼患兒手術效果好。如果成年后才發(fā)病，激光或手術治療可控制眼壓。

無虹膜癥

        無虹膜癥意味著虹膜缺失。這種情況很罕見，胎兒第二十周時雙眼發(fā)育受到影響，虹膜只留下一小段殘根。殘根前移，粘在房角壁上。妨礙小梁網(wǎng)狀結構，出現(xiàn)青光眼。角膜也可能受影響。如果它變混濁，還會發(fā)生白內(nèi)障，大多數(shù)患者視力可到20/200 ，法律上認為屬于失明，但仍有少數(shù)人視力可正常。有一類無虹膜癥被認為是由于11號和13號染色體部分缺失而遺傳的，這種情況與智力發(fā)育遲緩有關。
        無虹膜癥引起的青光眼難以治療，因為如果治療無虹膜癥引起的青光眼難以治療，因為如果治療不能控制住眼壓，再進一步采取手術治療會很危險。無虹膜的眼睛極脆弱，手術會造成更多的外傷。同樣，白內(nèi)障摘除術和角膜移植也很危險。
        患這種病的人通常會完全失明，但這種病很少見，10萬至100萬兒童中才有1個因此失明。